Pierwsze wzmianki o kościele pochodzą z 1257 roku, gdy ustanowiony został czterdziestodniowy odpust dla odwiedzających kaplicę franciszkanów w dniach św. Klary i św. Franciszka.

Obecny kształt kościół uzyskał w 1628, jednak wnętrze wykończono dopiero w roku 1697.

Budynek kościoła jest prostą trójnawową bazyliką o długości około 30 metrów. Nawa główna pokryta jest sklepieniem kolebkowym.

W nawach bocznych, ze sklepieniami żagielkowymi, umieszczone zostały cztery ośmioboczne kaplice.

Wnętrza klasztoru zostały mocno zdewastowane podczas istnienia pruskiego szpitala - zachował się jedynie wystrój refektarza.

Jest to ogromna sala o wymiarach 10 na 18 metrów przekryta spłaszczonym sklepieniem nieckowym.

Pośrodku sklepienia umieszczony jest owalny obraz przedstawiający Trójcę Świętą i postacie św. Franciszka oraz innych świętych, męczenników i ojców Kościoła.

Łączenie sklepienia ze ścianami ozdobione jest rokokowym fryzem z płaskorzeźbami dzieci.

Obecna budowla ma układ trójnawowej bazyliki.

Jest orientowana, murowana. Półkoliście zamknięte prezbiterium wyodrębnione jest z bryły. Dwie wieże stoją w fasadzie zachodniej.

Cały zespół klasztorny otoczony jest ceglanym murem z dwoma współczesnymi bramami.