Początki obiektu sięgają I połowy XIII wieku, kiedy to powstał późnoromański kościół.

Pierwsza wzmianka pochodząca z 30 sierpnia 1228 roku, uważana przez niektórych historyków za średniowieczny falsyfikat, mówi o powiększeniu uprawnień i uposażeń kościoła w Pełcznicy (kościół św. Franciszka przed zmianami administracyjnymi po II wojnie światowej znajdował się w Pełcznicy, a nie Cierniach).

Jest faktem, że w średniowieczu, a zwłaszcza w XIV w. świątynia przeżywała okres swojej prosperity.

W tym czasie nastąpiła zapewne zasadnicza przebudowa kościoła.

Prawdziwą ozdobą kościoła był umieszczony w prezbiterium drewniany ołtarz gotycki w formie tryptyku z wyobrażeniem tryumfu Marii, pochodzący z około 1370-1380 r.

Ołtarz w 1926 r. został przekazany do wrocławskiego Muzeum Archidiecezjalnego.

Dziś znajduje się w zbiorach Muzeum Narodowego i jest zdaniem historyków sztuki najlepiej zachowanym i najwcześniejszym przykładem XIV-wiecznego ołtarza w tym muzeum.

Przez wiele dziesięcioleci kościół był nieczynny, a całe wyposażenie, albo zabezpieczono, albo wywieziono, gdyż brakowało wiernych.

Wewnątrz ściany pokryto tynkiem i zabiałkowano, zapewne dla ochrony cennych malowideł.

Parafię ponownie utworzono dopiero w 1967 roku.