Początki kościoła św. Mikołaja sięgają I połowy XIII wieku, kiedy to w 1228 roku, świątynia konsekrowana została przez biskupa wrocławskiego – Wawrzyńca.

Wieki XVI i XVII obfitowały w ważne wydarzenia w dziejach świątyni, związane z rosnącym wpływem religii luterańskiej w Europie.

Początkowo luteranie i katolicy razem dzielili kościół, w którym odprawiano zarówno nabożeństwa katolickie, jak i luterańskie, używając przy tym tych samych szat i naczyń.

Jednakże z biegiem czasu przewaga liczby protestantów w mieście na tyle wzrosła, że wypędzono z miasta katolickiego proboszcza.

Zanim na mocy pokoju westfalskiego kościół zwrócono katolickim władzom, został on w roku 1616 przebudowany dla potrzeb protestantów.

Dużą rolę w krzewieniu protestantyzmu na świebodzickiej ziemi mieli Hochbergowie, właściciele miasta, którzy także przeszli na tę religię i stanowili niejako wzór dla swoich mieszczan.

Najbardziej tragiczną datą w historii kościoła był rok 1774. Wspomniany już wcześniej pożar nie oszczędził również tej świątyni.

Z wielkiego kataklizmu ocalało jedynie prezbiterium z przełomu XIII i XIV wieku oraz gotycka wieża zachodnia.